商標を出願するときには、カラーと白黒、どちらがいいでしょうか？

　ケースバイケースだと思います。
　商標法上、独占的使用が可能な範囲は登録商標と同一の範囲のみとなっており、第三者を排除する効力を有するのが、登録商標と同一または類似の範囲となっております（商標法第２５条，商標法第３７条第１号）。
　そのため、使用されている態様で権利を取得するのが望ましい形といえます。
　しかし、実際に使用されている商標が多くの色彩バリエーションを持っている場合は、それぞれの色彩について出願することは費用的負担が大きくなります。そこで白黒で出願することで、カラーバリエーションのある商標を登録商標の類似範囲とし、類似範囲により他者を排除することで使用商標の実質的保護を安価に行うことができます。
　しかし、そのような保護の方法は、本来独占的使用を認められている範囲ではなく、他人を排除できる範囲の商標を使用しているに過ぎず、その商標の使用が完全に保障されたものではありません。
　以上のことから、費用対効果と商標使用についての安全性を踏まえ、個々のケース毎に判断すべき内容かと思います。